自分も全く同じようになりました。
ボンネットの精度が悪く個体差なのかと思ったんですが、
同じ様になるという事は傾向的な不具合な気がします。
当初新たに新しい部品を取り寄せようと思ったんですが、
ボンネットを力尽くで曲げる方向に力を加えると面一になるぐらいまで
調整できましたよ。

掲載されている画像から思うところがありましたので　コメントから失礼いたします。
状態を拝見するに、　両側中央辺りがフェンダーの受けに接している状態で前面が浮き上がっているのかなといった状態でしょうか。
ヒンジベースなどは　浮き上がる方向ならむしろ先端方向は下側に沈む傾向が強くなると思いますので
その辺りを差し引いても　ボンネット自体の歪みがかなり大きく出ている状態の様に思えてきます。
私自身の保有する物は　左側がやや大きく浮き気味になっていて、ヒンジは組み立てる段階で左右の取り付け条件が揃う様に調整してありましたので、ボンネットそのものの歪みであることを販売元に問い合わせました。
ご用意いただいたパーツではまだ組み立てられておりませんが、手元にもう一つあることで　いざ力業となった時にでも　失敗を恐れることなく思い切って修正も出来ると思いますので、
実力行使の前に一度　メーカーさんにお願いしてみられるのがよろしいのではないでしょうか？

色々なところに山ほど不具合がありましたので、納得のできるレベルの完成度を求めると
完成するのは何時の事だろう・・・？　と
私のところはそんな状態でございます。
何と言っても塗装が、あれですからねぇ　(^^;

良い結果になることをお祈りいたします。