私もなったことあるんですが、押さえ金の下でファイバー線が交差して重なって押さえられちゃってるんではないかと。
そうするとひずみが生じて甲板がわずかに歪んじゃうんです、そうすると隙間ができてしまう。

解決法は……一度歪んでる箇所の押さえ金を外して線が重ならないように再配置するしかありません。
線に余裕があればいいんですが、ぴちぴちに張って配線しちゃってると新しい線で配置しなおすしか……。
本作は光ファイバーがかなり厄介で、たまに組み立てガイドを無視して線を配線しないといけない場面もあるんです。(例えば線に変な力かかっててかつ押さえ金の保持が足りない箇所など。たいてい穴から線がすっぽ抜ける)

あともう一つ挙げられるとするなら
『船体各部の接合ネジを一度緩めて(外さなくていい)、各部の位置を微調整する』ですかね。
区画ごとに足して造るんで起点に少しのゆがみがあると延長線上の終点のズレが大きくなってしまう。

もし金属パーツの船体に大きなスキマor段差があるならそこら辺の接合ネジを少し緩めてみることをお勧めします。
さすがにこればかりは現物を触れるご本人でないとどこかはわかりませんが……。

対応についてご返答いただき有難うございます。
アドバイス頂いた方法を実行してみます。

ご教示頂き有難うございました。

私の場合ですが・・・・
船倉は分割して1/4ずつ各種パーツを装着して確認をしながら最終的に４倉を組もうと思っています。第２船倉も組みあがっていますが先頭部分とは仮締め確認のみです。

第１甲板は創刊号を２冊購入していますので、そっと乗せてみました。（写真①）
ライフネットも付けていない状態なので左にわずかな隙間はありますが、問題ない程度と思います。
兄浜隼矢様のおっしゃるように船体は号が進むにしたがって何回もネジ緩め、増し締めをしました。ネジが締めにくい部分やまっすぐ入らないところもありましたが時にはプラハンマーで叩いて調整しました。現時点で船倉上部の段差は最大でも0.2～0.3ｍｍ（以下）くらいと思います。

しかし心配なので配線・パーツ装着の甲板をそっと乗せてみました。
あらら・・入りません！（写真はありません）
どうやら27号で光ファイバーを取り換える際に3連LEDの1本が船体側にはみ出したものと思われます（写真②・・・甲板を乗せた状態の写真はありません）
かっちり金具止めされているのでピンセットや精密ドライバーでも内部には押し込めません。やむなく7本と3本のファイバーを購入し全面取り取り換えとなりました。
初回や27号とは組み立て順を変更し、金具の表面に出ている10本のファイバーを6号他の金具の下に固定しました（写真③）
ついでに3連LEDのファイバーもマスキングテープで固定しながら挿し直しました。

これで全LEDも問題なく点灯・・・これを乗せてみましたがやや歪のためか若干の隙間増はありましたが今後の進展でなんとかなる範囲と思います。（写真はありません）

以上　私の場合です。
蛇足になりますが、ファイバーのスペアが単品または3ｘ3、4ｘ2、5ｘ1、7ｘ3の10本組みなどでお安く購入できると嬉しいですね。LED基板のケーブルも抜けやすいのでこれもぜひ。Robiの時はモーターやケーブルなどが単独で購入できましたから・・・・