『マーベル・ファクト・ファイル』を構成する各セクションは5つの章に分割されます(「リアルマーベル」だけは章内容が異なります)。各章ではマーベルヒーローの物語の説明にはじまり、関連メカや装備解説、敵役の紹介といったトピックスを取り上げます。
それぞれのマーベルヒーローが活躍する物語の概要を解説します。あわせてヒーローに関係する年表も掲載するので、ヒーローの活躍の歴史を一目で確認することができます。
ほかのセクションとは異なり、「リアルマーベル」は以下に挙げた4つの章に分類されます(ファイリング方法は共通)。
取り上げるテーマは、ヒーローの経歴や装備、特筆すべき活躍やライバルとなるヴィランと多岐にわたります。さらに同じヒーローでも掲載時期によってイラストのタッチが変化するため、ヒーローの魅力をより深く理解できます。
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